סמינר החוקרים של מרכז דיין מתקיים אחת לשבועיים ומאפשר לחוקרים להציג את עבודותיהם העוסקות בהתפתחויות האזוריות האחרונות. מדי שנה נקבע הנושא השנתי של הסמינר והמפגשים מאורגנים לפיו.
הסמינר, אשר נערך בשפה העברית, מיועד לחוקרים ולסטודנטים לתארים מתקדמים. מפגשי הסמינר אינם פתוחים לקהל.
בשנת הלימודים תשפ"ד 2023 - 2024 נושא הסמינר הוא "'הצד השני של הגבעה': מלחמת יום הכיפורים מפרספקטיבה ערבית ואזורית", במלאת 50 שנים למלחמת יום הכיפורים.
בשנת הלימודים תשפ"ג 2022 - 2023 נושא הסמינר היה "סוף המזרח התיכון או אזוריות חדשה?".
בשנת הלימודים תשפ"ב 2021 - 2022 נושא הסמינר היה "ישראל והמפרץ, אזוריות חדשה".
בשנת הלימודים תשפ"א 2020 - 2021 נושא הסמינר היה "עשור לאחר האביב הערבי: בחינה מחודשת".
בשנת הלימודים תש"ף 2019 - 2020 נושא הסמינר היה "המזרח התיכון וכוחות גלובליים: שינוי והמשכיות".
בשנת הלימודים תשע"ט 2018 - 2019 נושא הסמינר היה "חשיבה מחודשת על לאומיות במזרח התיכון".
בשנת הלימודים תשע"ח 2017 - 2018 נושא הסמינר היה "חברה, תודעה וג'האד במזרח התיכון בעידן הרשתות".