פנינה שוקר הינה מתאמת התכניות הבינלאומיות של מרכז משה דיין, בכללן הסדנה הבינלאומית ללימודי ישראל והמזרח התיכון, פורום "חיואר" ופורום המדיניות ישראל והמפרץ. עבודת הדוקטורט שלה נכתבה במחלקה למדע המדינה באוניברסיטת בר אילן, בנושא "תפיסת החברה הדמוקרטית כרגישה לנפגעים והשפעתה על ההתמודדות עם איומים אסטרטגיים: ארצות הברית, בריטניה וישראל בניתוח השוואתי". במהלך לימודיה זכתה במספר מלגות ופרסים, כמו מלגת הנשיא לדוקטורנטים מצטיינים ומלגת נסיעה מטעם יועצת הרקטור לקידום נשים באקדמיה. פנינה היא בוגרת תואר ראשון ושני (בהצטיינות), אף הם מהמחלקה למדע המדינה באוניברסיטת בר אילן. לפני הצטרפותה למרכז דיין שימשה פנינה כחוקרת (מלגאית ניובאואר) במכון למחקרי ביטחון לאומי. כיום, משמשת גם כמרצה לקורסים במדע המדינה באוניברסיטת בר-אילן ובאוניברסיטה הפתוחה.
