מוסד אל-אזהר, הנחשב מאז כינונו בשנת 972, לבעל השפעה רבה בעולם המוסלמי הסוני, ידע עליות ומורדות. כיום, מעמדו איתן למדי הן במצרים והן במרבית המדינות הערביות הסוניות, ולא פחות מכך, בזירה הבינלאומית. את העלייה במעמדו של אל-אזהר ניתן לייחס לקשר האסטרטגי שנרקם בין המוסד לבין הנשיא המצרי, עבד אל-פתאח אל-סיסי, מאז שנבחר לנשיאות מצרים ב- 2014. קשר זה נבנה סביב הלחימה בטרור האסלאמי הגואה והלגיטימציה הדתית לה הוא זוכה.
לאחר מהפכת ה-25 בינואר 2011, הצטרף המוסד לשיח הציבורי התוסס אשר התמקד באופייה של החברה המצרית הפוסט מהפכנית ומקומה של הדת בה. בנסיבות אלה, חיבר שיח' אל-אזהר, אחמד אל-טייב, מסמך יוצא דופן שכותרתו: "עתידה של מצרים", אשר ראה אור ביוני 2011. במסמך זה, בו נוסחו עקרונות היסוד שעל פיהם יש להסדיר את יחסי הגומלין בין הדת והמדינה, שורטטה דמותה של מצרים החדשה כמדינה מודרנית, חוקתית ודמוקרטית, המושתתת על עקרון הפרדת הרשויות. כמו כן, הביע שיח' אל-אזהר במסמך זה התנגדות נמרצת להפיכתה של מצרים למדינת הלכה אסלאמית הנשלטת ע"י אנשי דת. מנסחי המסמך הביעו תמיכה גורפת במהפכות הערביות ובהפלתם של המשטרים האוטוקרטים. מסמך נוסף אשר התפרסם ב- 31 באוקטובר 2011 תחת הכותרת "האביב הערבי", שקף את עמדת אל-אזהר בסוגיית יחסי שליט-נשלט. מסמך זה קובע כי "הפעלת כוח ופגיעה במפגינים שלווים מערערות על הלגיטימציה של השליט להמשיך ולהחזיק בהגה השלטון". ב-10 בינואר 2012 התפרסם מסמך נוסף, שלישי במספר, תחת הכותרת: "זכויות יסוד", אשר מתמקד בחופש האמונה והפולחן, חופש הדעה והביטוי וחופש המחקר. מטרתו של המסמך היתה לגבש את קווי היסוד לחוקה עבור המועצה המחוקקת. המסמך הרביעי שפרסם אל-אזהר ב-31 בינואר 2013 התמקד ב"הימנעות מאלימות" והוא נועד לעצור את פרץ האלימות שהביא למותם של מאות אזרחים מצרים חפים מפשע. בין מנסחי המסמך נכללו נציגיהן של מפלגות פוליטיות, בכלל אלה, האחים המוסלמים. המסמך האחרון בסדרת המסמכים שפרסם אל-אזהר ב-13 ביוני 2013 התמקד בסוגיית שיפור מעמדן של נשים והגנה על זכויותיהן. כך לדוגמא, הדגיש המסמך כי נשים וגברים הינם שווים בזכויות ובחובות במישור הפוליטי, הכלכלי, התרבותי, החברתי והמשפטי. יועצו של שיח' אל-אזהר, מחמוד עזאב, הדגיש בעניין זה כי : "חכמי אל-אזהר ימלאו תפקיד חשוב בהגנה על זכויות אלה".
הדרתה של תנועת האחים המוסלמים מהמרחב הציבורי, בעקבות ההכרזה עליה כארגון טרור והוצאתה אל מחוץ לחוק בדצמבר 2013, צמצמה באופן משמעותי את הביקורת הפומבית שנהגו האחים המוסלמים להטיח באל-אזהר, אותו כינו "מוסד מאובן וכלי שרת בידי המשטר". כך לדוגמא, האשימו האחים את אל-אזהר בתמיכה בהפיכה הצבאית של אל-סיסי ובהדחתו של הנשיא מורסי. השיח' יוסף אל-קרדאוי, מנהיגה הרוחני של התנועה, הביע את אכזבתו מעמדתו של אחמד אל-טייב בנושא והאשים אותו במעילה בתפקידו: "הייתי מצפה ששיח' אל-אזהר יתעמת עם הצבא ועם כל אלה שהציעו לו לתמוך ברעיון ההפיכה נגד הנשיא הלגיטימי הנבחר [...], אולם תקוותי נמוגה [...]. תפקידך שיח' אל-אזהר הוא לייצג את כל המוסלמים, ולא להסתפק בייצוג קבוצה קטנה בלבד מקרב העם המצרי".
אשר על כן, אין זה מפתיע שבדצמבר 2014, הכריז אל-סיסי על כוונתו להילחם בטרור האסלאמי הגובר דווקא מתוך מוסד אל-אזהר. לדברי אל-סיסי, למוסד זה תפקיד מרכזי בניסוח פרשנות חלופית להלכה האסלאמית, אשר עשויה לדידו לרסן את ההקצנה הדתית בחברות המוסלמיות ולאתגר את השיח הרדיקלי מבית מדרשם של ארגוני הטרור האסלאמי, אל-קאעדה, דאעש והאחים המוסלמים. אל-סיסי הגדיל לעשות כאשר טען כי יש צורך לבצע "מהפכה דתית" (תַ'וְרַה דִינִיַּה) אשר תתאים את השיח הדתי לעידן המודרני. בדבריו, הדגיש אל-סיסי את תפקידו המרכזי של מוסד אל-אזהר במימוש החזון המהפכני: "אני אומר את הדברים הללו כאן באל-אזהר, לפני אנשי דת וחכמי הלכה [...], העולם כולו ממתין למוצא פיכם".
היעדר גורם אופוזיציה משמעותי במרחב הדתי, מאפשר לשיח' אל-אזהר ולמועצת חכמי ההלכה של המוסד למנף את כוחו של המוסד כגורם המעצב את השיח הדתי, וכך, להשפיע גם על השיח הציבורי. נציגי המוסד מקפידים להציג את אל-אזהר כגוף האמון על הפצת ערכים הומניים ומודל אמוני אסלאמי מתון, הנאבק בארגוני הטרור ובאידיאולוגיה הקיצונית שהם מייצגים, וכמי שאחראי להציע פרשנויות חלופיות לכתבי הקודש. בדצמבר 2014 הכריז אחמד אל-טייב, בכנס בינלאומי שערך מוסד אל-אזהר, על כוונת המוסד להילחם בטרור וגינה את פשעיהם של ארגוני הטרור האסלאמיים נגד חפים מפשע. כמו כן, הדגיש אל-טייב את חשיבות שמירת האחווה בין מוסלמים לנוצרים ובני דתות אחרות וקרא לשיתוף פעולה בינלאומי בנושא. לדבריו, "כמה מבני האומה נחשפו לתהליך 'שטיפת מח באמצעות הפצת פרשנות רדיקלית (אפכּאר מֻבּאלע'הׂ) לכתבי הקודש, דבר המחייב את העולמא והאינטלקטואלים ליטול אחריות [...] ולחשוף את המשמעות הנכונה של הטקסטים הללו [...]".
שנת 2015 התאפיינה בפעילות נרחבת של אל-אזהר, הן בתוך מצרים והן מחוץ לה. בזירת הפנים, השקיע המוסד מאמצים ניכרים בעריכת רפורמה מקיפה בתוכניות הלימודים. המטרה המרכזית שעמדה לנגד עיניהם של האחראים לכך הייתה חינוך הדור הצעיר על ערכי הסובלנות, קבלת "האחר" והזיקה למולדת. לשם כך השיקה "ליגת בוגרי אל-אזהר" (ראבטת ח'ריג'י אל-אזהר), גוף שהוקם ב- 2006 שמטרתו להדק את קשרי אל-אזהר עם בוגריו ברחבי העולם, כתב עת לילדים ולנוער לגילאים 18-8 בשם "האור"" (אל-נור). לדברי שיח' אל-אזהר, כתב העת הינו חיוני להטמעת ערכים הומניים בקרב הדור הצעיר שכן, ערכים אלה עשויים לסייע בגיבוש זהות מוסלמית איתנה ולחזק את זיקתם של הצעירים למולדת המצרית. עורכת כתב העת, נהא עבאס, הבהירה כי שמו של כתב העת מעיד על רצון כותביו להאיר את עיני הילדים לפרשנות הנכונה של עיקרי הדת ולהטמיע בהם ערכי מוסר. אל-סיסי עצמו נתן את ברכתו לכתב העת החדש ובנובמבר 2015 אף התחייב להגדיל את תקציבו, כך שניתן יהיה לתרגמו לשפות זרות. המטרה העומדת בבסיס החלטה זו הינה הפצת מודל אמונה אסלאמי מתון בקרב קהלים מוסלמים ברחבי העולם, וכך למנוע, או להפחית, את התפשטותם של רעיונות קיצוניים בקרבם. חיזוק הקשר בין אל-אזהר לבני הנוער התבטא גם בהשקת תוכנית ייחודית בשם "אל-אזהר מלכד אותנו" (אל-אזהר יג'מענא). תכלית התוכנית לקיים דיאלוג בין נציגי אל-אזהר לבני נוער ב- 4000 מרכזי נוער אשר יתמקד בסכנות הטמונות באידיאולוגיות קיצוניות. כמו כן, יזם אל-אזהר הקמתו של מרכז להפצת פסקי הלכה המורכב מ- 300 חכמי דת. מרכז זה אמור לפעול במשך כל שעות היממה ולספק מענה מידי וישיר לשאלות האזרחים באמצעות הטלפון, הדואר אלקטרוני והפייסבוק. בהיבט המיגדרי, פועל אל-אזהר למען שיפור מעמדן של הנשים בחברה המצרית. אחד הביטויים למגמה זו הינו מינוין של חמש מאות נשים כמטיפות וכפוסקות הלכה. מהלך זה הופך אותן לשותפות אקטיביות בעיצוב חיי הדת במדינה ולסוכנות לשינוי חברתי. בנוסף, יזם אל אזהר, ביוני 2015,הקמת מרכז אשר נועד לנטר חומרי תעמולה של ארגוני הג'האד המופצים ברשתות החברתיות ולהפיץ חומרי הסברה הסותרים אותם בשפה הערבית ובשפות זרות.
בזירת החוץ, מקיים אל-אזהר כנסים, ועידות ומפגשים עם מדינאים, כמו גם עם נציגי דתות אחרות, שתכליתו לגבש דרכי התמודדות כנגד הטרור האסלאמי. כך לדוגמא, בסוף ספטמבר 2015, קיים המוסד כנס במשרדי האו"ם בניו יורק בנושא: "פסגת הצעירים הגלובאלית נגד קיצוניות אלימה". כנס זה התמקד בלחימה נגד דאעש ובמסגרתו הוחלט על הקמת מרכז הכשרה אשר יתמחה באיתור פסקי הלכה של קבוצות אסלאמיות קיצוניות ובהפרכתן. בנוסף לכך, קיים שיח' אל-אזהר, אחמד אל-טייב, מפגש עם אנשי דת נוצרים בעיר פירנצה שבאיטליה ביוני 2015 במטרה לחזק את הקשרים עם העולם הנוצרי ולחתור לדו-קיום ולשיתופי פעולה עמו. לאחרונה, הסכים אל-אזהר לבקשת הוותיקן לחדש את יחסיו עמו ולהדק את הקשרים התרבותיים והשיח הבין-דתי. הסכמה זו ניתנה לאחר נתק של כחמש שנים בין המוסדות שהחל כמחאה של שיח' אל-אזהר על הביקורת שהטיח האפיפיור בנדיקטוס ה- 16 במשטר המצרי, לפיה מדכא המשטר את המיעוט הנוצרי הקופטי במצרים. בנוסף לכך, תרגם המוסד, עד כה, יותר מאלף פסקי הלכה מהשפה הערבית לאנגלית וצרפתית, שנועדו לסתור את טענות הקיצוניים, והשיק סדרת ספרים במספר שפות שנושאם הסכנה הגלומה בתיוגם של מוסלמים ככופרים (תכפיר). פעילות החוץ של אל-אזהר באה לידי ביטוי גם בדרשות של נציגי המוסד בפני צעירים מוסלמים החיים במערב, כמו גם בהענקת מלגות לצעירים אלה ללימודי מדעי האסלאם והשפה הערבית באל-אזהר. מטרת המוסד הינה לחשוף את אותם צעירים לפרשנות מתונה של כתבי הקודש ו"לייצר שגרירים" שישובו אל ארצותיהם ויפיצו את בשורת האסלאם ברוח זו.
אל-אזהר מעוניין למנף עצמו גם כגורם מרכזי בפתרון הסכסוך הישראלי-פלסטיני. נציגי המוסד מבקשים לנצל את כוחו והשפעתו להפעלת לחצים על הקהילה הבינלאומית להכיר במדינה פלסטינית שבירתה ירושלים. כמו כן, הם מבקשים לעורר את העולם הערבי והבינלאומי לפעול נגד התוקפנות של המתנחלים והפגיעה במסגד אל-אקצא. הסבר אפשרי לתמיכה זו נעוץ בשאיפת הנהגת אל-אזהר למתג את המוסד כנציג "גלובאלי" של כלל העולם הסוני וככזה, לדאוג לצרכיו. כך, מחזק אל-אזהר את מעמדו בזירה האזורית והבינלאומית ומעודד הצטרפות שחקנים סונים נוספים לתכניתו להילחם ברדיקליזציה ובהקצנה הדתית.
פעילותו של אל-אזהר זוכה לתמיכה חוצה גבולות, הן במזרח והן במערב. מפלגת אל-נור הסלפית, המסדרים הצופים ואפילו קבוצות אסלאמיסטיות, דוגמת חברי אל-ג'מאעה אל-אסלאמיה במצרים, מייחסים לאל-אזהר תפקיד חשוב בריסון מגמות הרדיקליזציה בחברה המוסלמית, בצמצום כוחו של דאעש, בלחימה נגד האסלאמופוביה במערב ובחינוך הדור הצעיר לערכי הסובלנות. בראשית ינואר השנה ציין המופתי של ירושלים והאדמות הפלסטיניות, מחמד חסיין, כי הוא רואה עצמו שותף ליוזמת אל-אזהר בלחימה בטרור והדגיש את תפקידו של אל-אזהר בקידום האינטרסים הפלסטינים.
ואולם, ישנם גם כאלה המבקרים את אל-אזהר. בכלל אלה בולטים אינטלקטואלים מצרים הדוגלים בהפרדת דת ממדינה, דוגמת סייד מחמד אל-קימני, אסלאם בחירי ופאטמה נאעות. לטענתם, תכנית הלימודים באל-אזהר נגועה בתכנים קיצוניים המשפיעים לרעה על עיצוב התודעה של הצעירים. הם סבורים כי אל-אזהר מהווה חממה לטרוריסטיים ולקיצונים. ראייה לכך היא העובדה שעם בוגריו נמנים פעילי דאעש ופעילי אל קאעדה, כדוגמת מחמד עטא, ממבצעי פיגועי ה- 11 בספטמבר ועבדאללה עזאם, ממקימי ארגון אל-קאעדה. ביקורות אחרות מתייחסות לטענה שהופצה על ידי המוסד, לפיה, הדמוקרטיה עומדת בסתירה לאסלאם בכמה היבטים: ג'אבר עצפור, שר התרבות לשעבר, ציין בהקשר זה כי "נראה שעלינו להפנות לאל-אזהר את השאלה: האם זהו החידוש בשיח הדתי אליו מייחל הנשיא עבד אל-פתאח אל-סיסי, נשיא הרפובליקה?". למיאא אל-מקדם, פובליציסטית חילונית מצרייה, התריעה ביומון אל-מצרי אל-יום כי המערב מייחס חשיבות ניכרת למוצא פיו של אל-אזהר שלא בצדק, זאת בשל תפיסתו כאוטוריטה דתית. אולם, לדבריה, אל-אזהר פוגע בתדמית האסלאם בשל פסיקות שנויות במחלוקת שניסחו חכמי דת מטעמו כגון, הצדקת אונס של נשים לא מוסלמיות במערב בשל חוסר צניעותן. בתגובה לביקורת שהושמעה כלפי המוסד על ידי האינטלקטואליים המצרים, פרסמה מועצת חכמי ההלכה של אל-אזהר הודעה רשמית לפיה מדובר במתקפה שלוחת רסן, המזינה רגשות אסלאמופוביים במערב, ובה בעת, מערערת את מעמדה של אל-אזהר. אחמד טייב גינה אף הוא את המבקרים וטען כי "הריסתו של אל-אזהר, כמוה כהריסת המולדת". ד"ר עבאס שומאן, בכיר באל-אזהר, ציין גם הוא כי "אף אחד איננו יכול למתוח ביקורת על פעולותיו של אל-אזהר לאורך ההיסטוריה [...]. כל ניסיון להטיל דופי באל-אזהר כמוהו כהטלת דופי באומה כולה". בתגובה לכך, השיבו אינטלקטואלים כדוגמת ד"ר רפעת אל-סעיד, לשעבר ראש מפלגת אל-תג'מע, כי כל ניסיון להשתיק את קולות המבקרים אינו מאפשר את חידושו של השיח הדתי. הציבור המצרי ברובו תולה תקוות בתפקיד המוביל שניתן לאל-אזהר וקורא לפתור את משבר האמון בין האינטלקטואלים לאל-אזהר באמצעות דיאלוג ענייני.
מהפכת האביב הערבי, הדרתם של האחים המוסלמים מן המרחב הציבורי והתעצמותם של הגורמים האסלאמיים הראדיקליים, הפכו את אל-אזהר תחת משטרו של אל-סיסי, לשחקן משמעותי ומחוזר, הן במרחב המצרי, הן במדינות הערביות הסוניות והן בקרב הקהילות המוסלמיות הסוניות במערב.