ניר היה מייסד שותף של ארגון CyberDissidents.org, רשת בלוגרים ופעילי דמוקרטיה מהמזרח התיכון שהתמקדה בנושאי חופש ביטוי, זכויות אדם ושיח דמוקרטי (כיום movements.org). במסגרת עבודתו החינוכית הוא ייסד ב-2012 את פרויקט Tiyul-Rihla, תוכנית ישראלית פלשתינית העוסקת בלימוד משותף של היסטוריה ונרטיב דרך סיורים משותפים משני צידי הקו הירוק.
ספרו Expat-ing Democracy שיצא ב-2016 עוסק בהשפעתן של קבוצות אופוזיציה גולות על שיח פוליטי במזרח התיכון. ספרו האחרון The Syrian War: Between Justice and Political Reality שיצא ב-2020 עוסק בהיבטים שונים של המלחמה הסורית (2011 - 2018).
לפני חזרתו לישראל ב 2004, כיהן ד"ר בומס כסגן הנשיא של מכון המחקר הוושינגטוני Foundation for the Defence of Democracies וכאחראי המחלקה האקדמית של שגרירות ישראל בוושינגטון.
מאמריו של ד"ר בומס הופיעו בעברית, אנגלית, צרפתית וערבית במספר רב של פרסומים הן בזירה האקדמית והן בזו הציבורית.
ד"ר בומס השתתף בכתיבת הספרים Copts in Egypt, A Christian Minority Under Siege שיצא ב-2006 כמו גם The Long March to the West שיצא ב-2007.
ד"ר בומס לימד והרצה בין השאר בישראל, ארצות הברית, אנגליה, טורקיה, ברזיל, הונג קונג, פולין, הונגריה, המועצה לזכויות האדם של האומות המאוחדות בז'נבה, דרום אפריקה, ירדן ומרוקו על נושאים הקשורים למזרח התיכון המשתנה, טרור ותהליכי דמוקרטיזציה. הוא דובר עברית, אנגלית וערבית.
ד"ר בומס שירת בצה"ל כקצין קשר ומשרת כיום במילואים בדרגת רב סרן.
